Bagaimana Mendeteksi Varian Omicron

Perbesar

Baca berita dengan sedikit iklan, klik di sini

Poin penting

Tes PCR dengan memakai reagen yang menyasar gen S dapat mendeteksi dini kemungkinan varian Omicron.
Sampel tes RT-PCR yang gagal mendeteksi gen S tersebut diprioritaskan untuk menjalani pengurutan seluruh genom (WGS).
Stok kit reagen tes RT-PCR cukup untuk kapasitas laboratorium jaringan Kementerian Kesehatan saat ini.

KEBANYAKAN laboratorium di Afrika Selatan—seperti Lancet Laboratories di Johannesburg, yang pertama kali mengidentifikasi varian baru SARS-CoV-2, Omicron—menggunakan tes reverse transcription-polymerase chain reaction (tes RT-PCR) yang memakai kit reagen untuk mengevaluasi tiga gen target: S (spike), N (nucleocapsid) dan ORF1ab (open reading frame-1ab). Ternyata, tes itu bisa mendeteksi gen N dan ORF1ab tapi tidak gen S. Kondisi ini disebut sebagai S gen target failure (SGTF).

Baca berita dengan sedikit iklan, klik di sini

Kegagalan tes RT-PCR mendeteksi gen S ini menimbulkan dugaan virus Covid-19 telah bermutasi. Hasil pengurutan seluruh genom (WGS) terhadap sampel itu mendapati begitu banyak mutasi genetik. Ada 45-52 perubahan asam amino di seluruh genom, termasuk 26-32 mutasi di protein S—bagian virus yang berperan dalam menginfeksi sel manusia. Penyebab tak terdeteksinya gen S pun terungkap karena ada deletion—mutasi yang menghapus materi genetik—pada protein S posisi asam amino 69-70.

Menurut peneliti Pusat Riset Biologi Molekuler Eijkman, Amin Subandrio, kit reagen RT-PCR di Indonesia biasanya terdiri atas tiga atau empat primer yang mendeteksi kombinasi empat gen: N, E (envelope), dan RdRP (RNA dependent RNA polymerase) atau ORF. “Sebagian besar menyasar gen N, E, dan RdRP atau ORF. Tidak mengarahkan ke gen S karena dianggap berperan kecil,” ujar Amin, Kamis 30 Desember lalu. “Kalaupun ada gen S hasilnya tak diperhatikan. Yang penting dua gen positif, misalnya N dan E. Apalagi kalau RdRP positif, sudah pasti Covid-19.”

Saat dimintai konfirmasi mengenai pasokan reagen tes PCR Covid-19, Direktur Pencegahan dan Pengendalian Penyakit Menular Langsung Kementerian Kesehatan Siti Nadia Tarmizi tidak menyebutkan nama produk dan asal negaranya. Dia menegaskan telah memasok reagen yang bisa mendeteksi SGTF dan reagen WGS untuk membaca varian Omicron ke jaringan laboratorium Kementerian Kesehatan. “Reagen cukup untuk kapasitas laboratorium saat ini karena tes WGS bukan diagnosis, tapi surveillance,” kata Siti menjawab pesan WhatsApp, Kamis, 30 Desember lalu.

Direktur Utama PT Bio Farma Honesti Basyir mengklaim kit tes PCR buatan perusahaannya bersama Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi serta Nusantics, mBioCoV-19 mampu mendeteksi varian Omicron. “Berdasarkan pengujian in silico terhadap 141 data sampel dari GISAID yang dilakukan Nusantics, mBioCov-19 dapat mendeteksi varian Omicron dengan akurasi 100 persen,” tutur Honesti melalui keterangan tertulis kepada Antara, Rabu, 8 Desember lalu. mBioCoV-19 yang menggunakan target gen N dan RdRP ini tingkat kandungan dalam negerinya 45 persen.