Melacak Leluhur Lewat DNA

Indonesia identik dengan keberagaman. Dengan populasi lebih dari 240 juta, penduduk negara kepulauan terbesar di dunia ini terdiri atas lebih dari 300 kelompok etnis. Terdapat 700 bahasa lokal yang dituturkan penduduk di seantero Nusantara. Lalu siapa sebenarnya orang asli alias pribumi Indonesia?

Jawabannya bisa dilacak melalui riset genetika. Sepanjang evolusi dan migrasi manusia, gen mengalami mutasi yang akhirnya bisa menjadi penanda suatu kelompok di daerah berbeda. Jejak migrasi manusia ini "terekam" pada rantai asam deoksiribonukleat (DNA) di dalam gen. "DNA menjadi penghubung di antara kita dan nenek-moyang kita dan menunjukkan dari mana asalnya," kata Herawati Sudoyo, Deputi Bidang Penelitian Fundamental Lembaga Biologi Molekuler Eijkman, Jakarta, Senin pekan lalu.

Studi genetika para peneliti di Eijkman bersama sejumlah lembaga internasional menunjukkan semua etnis Indonesia adalah keturunan para imigran. Mereka diperkirakan masuk ke kawasan Asia Tenggara, termasuk kepulauan Indonesia, 60-50 ribu tahun lalu.

Untuk melacak jalur migrasi nenek-moyang orang Indonesia, para peneliti awalnya menggunakan metode riset genetika DNA dalam mitokondria (mDNA). Mitokondria adalah struktur unik di dalam sel yang berfungsi seperti sumber energi atau baterai bagi sel untuk beraktivitas. Dari mDNA juga didapat sejarah penyakit bawaan dalam suatu populasi.

Mitokondria dan 37 gen di dalamnya hanya diwariskan dari garis perempuan. Hal ini terjadi karena saat pembuahan, mitokondria laki-laki yang ada di ekor sperma terlepas dan tak ikut masuk ke sitoplasma, lapisan cairan pembungkus sel telur yang di dalamnya mengandung mitokondria.

Jejak dalam mDNA inilah yang ditelusuri ke belakang untuk melacak garis keturunan nenek-moyang lewat jalur perempuan. Setiap mitokondria memiliki sekitar 1.100 ciri yang bisa menjadi penanda asal manusia. Hasil analisis motif di dalam mDNA menunjukkan spesies manusia modern pertama berasal dari kawasan Sub-Sahara Afrika.

Riset kromosom Y, bagian gen yang diturunkan dari garis laki-laki, juga menunjukkan hal serupa. Kemunculan nenek-moyang manusia modern diperkirakan terjadi 200 ribu tahun silam. "Berdasarkan genetika, manusia modern pertama itu dari Afrika," ujar Herawati. "Mereka kemudian bermigrasi menyebar ke seluruh dunia."

Penyelidikan asal-usul individu juga dilakukan lewat pemeriksaan autosom. Ini adalah bagian yang merupakan gabungan kromosom dari ayah dan ibu. Masing-masing ayah dan ibu juga memiliki separuh kromosom dari orang tua mereka. Jika dirunut lagi ke belakang akan ketahuan siapa leluhur mereka.

Marka gen atau haplogroup di dalam gen dapat memberikan gambaran jalur migrasi maternal dan paternal manusia. Peta riset mDNA menunjukkan rute migrasi manusia global gelombang pertama keluar dari Afrika dan menyusuri kawasan selatan Asia. Kelompok ini bergerak ke tenggara hingga mencapai Indonesia. Sebagian melanjutkan hingga Australia.

Gelombang migrasi kedua bergerak keluar dari Afrika menuju utara, lalu bergeser ke barat. Merekalah yang menjadi nenek-moyang bangsa Eropa. Adapun perpindahan selanjutnya mengarah ke timur hingga menyeberangi Selat Bering ke Benua Amerika 40-30 ribu tahun lampau. Dalam perjalanannya, manusia modern diperkirakan bercampur dengan spesies manusia purba Neanderthal dan Denisovan.

Pembuktian tentang adanya migrasi genetik ini diperkuat oleh riset yang dilakukan Lembaga Eijkman bersama para peneliti dari University of Arizona dan Santa Fe Institute, 14 tahun lalu. Mereka mengambil sampel kromosom Y dari 1.917 pria di 32 lokasi di Indonesia.

Laporan di jurnal Molecular Biology and Evolution pada 2010 menunjukkan adanya transisi grup genetik paternal antara populasi bagian barat dan timur Indonesia yang dipisahkan garis geografis di antara Pulau Bali dan Flores. Temuan ini sesuai dengan laporan penjelajah dan ahli biologi Inggris, Alfred Russel Wallace, pada 1859, yang menyebutkan adanya perbedaan besar pada ciri ekologi di wilayah itu.

Hasil studi genetika lainnya oleh tim yang dipimpin peneliti dari Lembaga Eijkman, Meryanne K. Tumonggor, menunjukkan keberagaman penduduk Indonesia dibentuk oleh dua gelombang migrasi yang dipengaruhi perubahan rupa daratan. Meryanne dan koleganya dari University of Arizona, Santa Fe Institute, dan Institut Riset Fundamental di Massey University, Selandia Baru, mengumpulkan lebih dari 6.000 sampel DNA.

Tim Meryanne mempelajari 2.740 individu dari 70 populasi yang tersebar di 12 pulau di Indonesia. Dari studi genetika itu, pergerakan populasi manusia ke Nusantara dalam 50 ribu tahun direkonstruksi. Persinggungan dengan komunitas Cina, Arab, dan Eropa tergambar dalam variasi kromosom Y.

Secara umum, orang Indonesia memiliki kombinasi haplogroup Austronesia, Melanesia, dan Austroasiatik. Namun proporsinya berbeda, tergantung wilayah tempat tinggalnya. Semakin ke timur Indonesia, marka gen Melanesia akan lebih mendominasi.

Peneliti dari University of Toulouse, Prancis, Francois-Xavier Ricaut, mengatakan marka gen orang Papua sebenarnya masih tersisa di tubuh penduduk Indonesia bagian barat. Ini merupakan sisa jejak pergerakan nenek-moyang Austromelanesia yang bergerak ke barat. "Atau ada jejak dari pergerakan orang-orang yang menuju timur dan bercampur di sana," kata Ricaut.

Studi genetik menunjukkan kelompok masyarakat di Alor dan Papua dinilai lebih tua daripada populasi penduduk di bagian barat Indonesia. Jika durasi menetap diperhitungkan sebagai ukuran menakar pribumi, leluhur masyarakat Alor dan Papua sudah lebih lama menjelajah di Nusantara. "Nenek-moyang orang Alor dan Papua itu masuk lebih dulu ke Nusantara sekitar 50 ribu tahun lalu," ujar Herawati.

Nicolas Brucato, peneliti dari Laboratorium Antropologi Molekuler dan Sintesis Citra (AMIS), University of Toulouse, menyatakan warisan genetik orang Indonesia dipengaruhi oleh aktivitas jaringan perdagangan. Dalam presentasinya di Lembaga Eijkman pada November lalu, Brucato mengatakan jalur laut Samudra Hindia dan kawasan kepulauan Indonesia menjadi perlintasan para pedagang dari Afrika barat, India, dan Cina lebih dari 2.000 tahun.

Perkawinan antaretnis dan pertukaran kebudayaan turut menyertai aktivitas perdagangan. Jejak kelompok Austronesia, rumpun nenek-moyang orang Asia Tenggara, juga terdapat di kawasan Madagaskar. Brucato mengatakan sekitar 40 persen genom orang Malagasi, kelompok etnis yang membentuk populasi Madagaskar saat ini, diturunkan dari orang Indonesia.

Penelitian antropologi menunjukkan bahasa orang Malagasi berakar dari bahasa orang Dayak Ma'anyan, yang ada di Kalimantan bagian tenggara. Namun genetik orang Malagasi justru lebih dekat kepada orang Banjar, yang juga berasal dari kawasan yang sama dengan Dayak Ma'anyan. "Tidak ada korelasi antara warisan genetik dan bahasa orang Dayak Ma'anyan di masyarakat Malagasi," kata Brucato. "Namun masyarakat sana menganggap orang Indonesia sebagai saudara."

Gabriel Wahyu Titiyoga

Peta Persebaran Manusia Indonesia

A. Gelombang migrasi pertama, 50-45 ribu tahun silam. Manusia modern masuk ke Indonesia lewat jalur darat selatan Asia. Kepulauan bagian barat Indonesia, seperti Sumatera, Kalimantan, dan Jawa, menyatu dengan daratan Asia (Paparan Sunda) karena muka air laut rendah. Bali dan Lombok sudah dipisah selat dalam.

B. Gelombang migrasi kedua, 35-16 ribu tahun silam. Manusia dari daratan Asia, terutama kawasan Indocina, masuk ke wilayah Indonesia lewat darat. Paparan Sunda masih ada, tapi muka air laut perlahan naik. Muka daratan Asia Tenggara saat ini sudah terbentuk sejak 8.000 tahun lalu.

C. Gelombang migrasi ketiga, 5.000-4.000 tahun silam. Kelompok dalam rumpun bahasa Austronesia, dari kawasan Cina Selatan dan Taiwan, menyebar baik ke kawasan barat maupun timur Indonesia.

D. Gelombang migrasi keempat, 2.000 tahun lalu. Sejak abad ketiga hingga ke-13, kelompok proasiatik, India, Cina, dan Arab, masuk ke Indonesia. Ada persebaran budaya Hindu, Buddha, dan disusul Islam.