Tipe-tipe Virus Covid-19 yang Tersebar di Indonesia

Perbesar

Virus Corona Bernama “JKT”/Tempo

Baca berita dengan sedikit iklan, klik di sini

Poin penting

Indonesia berhasil mengurutkan genom lengkap virus SARS-CoV-2 pemicu Covid-19 yang beredar di dalam negeri.
Ada sembilan data virus yang telah diurutkan genom lengkapnya yang dikirimkan ke pangkalan data Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID).
Semua virus dari Indonesia tergolong tipe atau clade A yang memang dominan di dunia saat ini.

DUA bulan dua hari setelah kasus Coronavirus Disease 2019 (Covid-19) pertama diumumkan pada 2 Maret lalu, Indonesia akhirnya berhasil mengurutkan genom lengkap virus SARS-CoV-2. Lembaga Biologi Molekuler Eijkman mengirimkan tiga data virus dari pasien Indonesia itu ke Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID) pada 4 Mei lalu. “Deteksi Covid-19 menyita hampir semua tenaga dan fasilitas. Namun kami bisa merekrut beberapa orang untuk melakukan sequencing,” kata Amin Soebandrio, Kepala Lembaga Eijkman, 5 Mei lalu.

Baca berita dengan sedikit iklan, klik di sini

Sequencing adalah proses atau teknik penentuan urutan basa nukleotida pada suatu molekul asam deoksiribonukleat (DNA) ataupun asam ribonukleat (RNA). Basa nukleotida molekul DNA terdiri atas deretan acak empat “huruf”—sitosin (C), guanin (G), adenin (A), dan timin (T). Urutan basa inilah yang menentukan instruksi DNA atau kode genetik. Adapun pada molekul RNA, timin diganti dengan urasil (U). SARS-CoV-2 merupakan virus RNA.

Baca berita dengan sedikit iklan, klik di sini

Data genom SARS-CoV-2 pertama di dunia, yang dinamai Wuhan-Hu-1/2019, diurutkan oleh tim ilmuwan Cina yang dipimpin Yong-Zheng Zhang dari School of Public Health pada Fudan University, Shanghai. Data virus yang panjang genomnya 29.881 pasang basa itu dikirim ke GenBank dan GISAID pada 12 Januari lalu. Virus Wuhan-Hu-1/2019 diambil dari seorang pasien berusia 41 tahun yang masuk ke Central Hospital of Wuhan pada 26 Desember 2019 dengan keluhan demam, sesak di dada, dan batuk.

Tiga virus SARS-CoV-2 asal Indonesia juga memiliki panjang genom sekitar 29 ribu pasang basa. Menurut Amin, berdasarkan analisis GISAID yang masih berjalan, ketiga virus yang dinamai JKT-EIJK0141/2020, JKT-EIJK0317/2020, dan JKT-EIJK2444/2020 itu tidak masuk tiga kelompok virus yang dibuat GISAID (S,G, dan V). “Ada kemungkinan ini kelompok baru dari Asia Tenggara. Tapi mungkin saja nanti kalau analisisnya lebih dalam akan masuk ke kelompok yang ada,” ujar Amin saat dihubungi kembali pada 10 Mei lalu.

Amin menyebutkan jumlah data virus yang dikirim lembaganya ke GISAID menjadi tujuh setelah pada 9 Mei lalu ada tambahan empat data virus baru. Keempat virus itu dinamai JKT-EIJK01/2020, JKT-EIJK02/2020, JKT-EIJK03/2020, dan JKT-EIJK04/2020. “Semuanya dari Jakarta. Kami pilih yang jumlah virus (viral load) paling tinggi sehingga tidak perlu kultur dulu bisa langsung sequencing,” ucapnya. Amin menambahkan, lembaganya juga berusaha mendapatkan sequence dari institusi lain karena memerlukan data dari luar Jakarta.

Virus Corona Bernama “JKT”/Tempogabrd

Satu-satunya institusi selain Lembaga Eijkman yang telah melakukan sequencing virus SARS-CoV-2 dari pasien Indonesia adalah Institute of Tropical Disease (ITD) Universitas Airlangga, Surabaya. Direktur ITD Maria Inge Lusida kepada The Jakarta Post mengaku institusinya telah mengurutkan genom enam virus. “Empat sequence virus yang kami analisis lebih dekat ke clade Cina dan dua virus lebih dekat ke clade Eropa,” kata Maria. Ia tak bersedia dimintai konfirmasi Tempo. ”Nanti saja kalau ada info tambahan, ya,” tuturnya via WhatsApp, Senin, 18 Mei lalu.

ITD baru mengirimkan ke GISAID data dua virus yang telah diurutkan genom lengkapnya, yakni EJ-ITD3590NT/2020 dan EJ-ITD853Sp/2020. Adapun empat virus lain, menurut Maria, masih dalam fase penyelesaian di laboratorium. “Ya, doakan lancar,” ucap Maria saat ditanyai apakah institusinya akan mengirim data virus lagi ke GISAID. Dengan demikian, total data virus SARS-CoV-2 asal Indonesia di GISAID berjumlah sembilan. Sampai Kamis, 28 Mei lalu, pangkalan data GISAID menampung 34 ribu data virus dari 81 negara.

Menurut Amin, ada tiga manfaat mengetahui genom lengkap virus SARS-CoV-2 di Indonesia. “Pertama, mengetahui virus itu lebih dekat kekerabatannya dengan yang ada di negara mana. Kedua, bisa mengetahui pola pergerakan virus dari satu kota ke kota lain,” kata Amin. “Ketiga, sequence itu bisa digunakan untuk mendesain alat diagnosis ataupun vaksin yang sensitif untuk virus yang beredar di Indonesia,” ujar profesor mikrobiologi klinis di Universitas Indonesia tersebut.

Untuk melihat virus SARS-CoV-2 Indonesia tergolong tipe apa dan dekat dengan virus di negara mana, ahli virologi dari Surya University, Tangerang, Banten, Sidrotun Naim, menyarankan membuka situs Nextstrain.org. “Pakai kategorisasi Nextstrain saja, yang hanya ada tipe A dan B. Semua data virus Indonesia masuk tipe atau clade A,” kata Sidrotun melalui pesan WhatsApp pada Kamis, 28 Mei lalu. “Dengan catatan tidak diedit lagi. Yang data ITD itu sangat banyak diedit setelah seminggu di-submit.”

Menurut Sidrotun, jika melihat pohon filogenetik unrooted yang dihasilkan Nextstrain, saat ini di dunia memang clade atau tipe A yang dominan. “Tipe B hanya yang arah jam 1. Tipe B ini versi awal di Wuhan, yang terkunci setelah lockdown,” tuturnya. “Yang sudah lepas ke luar negeri sebelum lockdown dan selanjutnya bermutasi beradaptasi menjadi tipe A,” ucap doktor mikrobiologi lingkungan University of Arizona, Amerika Serikat, itu.

Sebuah sel yang terinfeksi virus SARS-CoV-2 akan melepaskan jutaan virus baru. Setiap virus itu akan membawa salinan genom asli. Ketika sel menyalin genom tersebut, kadang terjadi kesalahan yang biasanya hanya satu huruf. Kesalahan itulah yang disebut sebagai mutasi. Ketika menular dari orang ke orang, virus corona akan secara acak mengakumulasi mutasi lebih banyak.

Virus SARS-CoV-2 dari Indonesia/Tempo

Nextstrain adalah proyek bersumber terbuka yang dibangun Trevor Bredford dan koleganya untuk memanfaatkan data genom patogen. Tujuan proyek ini adalah membantu pemahaman epidemiologi dan meningkatkan respons terhadap wabah. Nextstrain menyajikan data publik yang terus diperbarui serta perangkat analisis dan visualisasi untuk digunakan oleh umum. Berbeda dengan GISAID, yang hanya bisa diakses oleh anggotanya. Nextstrain menggunakan sebagian data GISAID, tapi visualisasi yang ditampilkan hanya dapat menangani sekitar 3.000 data.

Dari Nextstrain terungkap bahwa tujuh virus dari pasien di Jakarta yang dikirimkan Lembaga Eijkman dan satu virus yang dikirim ITD, EJ-ITD835Sp, berada di kelompok clade A7. Sedangkan virus lain kiriman ITD, EJ-ITD3590NT, berada di clade A2a. “Delapan strain yang mengumpul bersama itu mengindikasikan strain yang dominan, setidaknya di Jakarta. Atau bisa jadi strain virus yang berasal dari cluster pasien yang sama,” ujar Sidrotun.

Sidrotun mengatakan kemungkinan lain juga bisa terjadi, yaitu kasus yang tidak berkaitan atau tidak satu lokasi tapi setelah dilakukan pelacakan kontak ternyata ada kesamaan. “Artinya, virus yang beredar di tempat yang berbeda itu awalnya dari leluhur terdekat yang sama,” ucapnya. “Misalnya ada orang terinfeksi di Surabaya, kemudian salah satu kontak dekatnya pergi ke Jakarta.”